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        針對ctDNA的MRD檢測,你參與了嗎?
        點擊次數:496 發布時間:2022-06-16

        MRD是指治療后體內殘留的腫瘤細胞或者標志物,通常的翻譯有3種,微小殘留病灶(Minimal Residual Disease)、可檢測殘留病灶(Measurable Residual Disease)、分子殘留病灶(Molecular Residual Disease)。

        微小殘留病灶(Minimal Residual Disease)一詞最早是出現在血液瘤中,是指治療后殘留的腫瘤細胞很少,很微小,常規檢測的靈敏度不足以檢測到,一般是由于藥物不應答、藥物耐藥等等原因,因此此時MRD的檢測可以是分子檢測(比如NGS),可以是表面標志物檢測(比如NGF)。而可檢測殘留病灶(Measurable Residual Disease)則側重于可檢測到的角度,對殘留病灶的研究限于可以檢測到的前提下,而后的分子殘留病灶(Molecular Residual Disease)主要是指分子診斷可以檢測腫瘤的殘留,主要是通過對ctDNA的檢測,這個時候適用于血液瘤和實體瘤。

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        MRD是腫瘤耐藥、復發的重要因素,是預后判斷的重要指標。在2021年版非小細胞肺癌MRD檢測的專家共識中,有一段描述:在一項前瞻性多中心研究中,共入組101例帶有體細胞突變的早期乳腺癌患者,通過dPCR動態追蹤術后血漿ctDNA,結果提示ctDNA陽性與患者疾病復發明確相關【風險比HR=25.2,95%可信區間CI 6.7-95.6, p<0.001】,且ctDNA較影像學提前預示疾病復發,中位10.7個月(95% CI 8.1-19.1個月)。另一項入組130例II-III期結腸癌的多中心隊列研究中,通過多重PCR捕獲的NGS監測患者切除術后ctDNA狀態,結果提示術后30天ctDNA陽性患者復發風險遠高于陰性患者(HR=17.5,95% CI 5.4-56.4,p<0.001)。


        ctDNA的MDR檢測現狀

        現有的針對ctDNA的MRD檢測主要有2條技術路線:tumor-agnostic -assays(腫瘤未知分析)和tumor-informed assays(腫瘤知情/先驗分析),其中tumor-agnostic -assays僅對血漿檢測,利用的是固定的panel(一般為驅動基因和靶向藥物基因,也會多組學方法)和分析方法對ctDNA做檢測,做分析,代表產品Guardant Health公司的Guardant Reveal;tumor-informed assays需要對原發腫瘤組織進行測序(一般為WES),來鑒定患者的特異基因組變異圖譜,然后再定制個性化的panel,針對ctDNA做檢測,也就是說需要對組織和血漿都做檢測,代表產品為Natera公司的Signatera。國內IVD公司對MRD的檢測,截至發稿前,小編遇到的tumor-informed assays為多。

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        MRD技術難度很大的一個方面是對超低頻突變的檢測能力和穩定性,以非小細胞肺癌為例,在早期NSCLC患者血漿中位cfDNA的濃度為7.69ng/mL,換算在10mL血漿(20ml全血)中含有大概20,000個單倍體基因組(3.3pg),考慮到cfDNA建庫時的損耗以及至少存在2條相同的變異基因序列,10mL血漿中ctDNA檢測到的極限分子信號為0.02%水平。另外,從TRACERx研究數據推算,在1cm3體積的腫瘤情況下, 10mL血漿中大概含有2條腫瘤來源DNA分子。因此,在NSCLC中進行MRD檢測時,該檢測方法必須可穩定檢測出豐度≥ 0.02%的ctDNA。這里有個重要的技術策略,就是Sample Level的策略,對于site level的0.02%甚至更低,可以通過samples Level來提高靈敏度。


        康佰生物

        針對ctDNA檢測的MRD診斷IVD的開發,少不了的是性能評價,自然也是少不了標準品的開發,我們是一家專注IVD研發中診斷陽性參考品、檢測限參考品、精密度參考品的研發生產型企業,針對ctDNA的超低頻標準品的開發,我們計劃開發2類產品(Art-base and Nat-base),希望得到行業專家更多的建議。


        針對tumor-agnostic-assays的檢測方法,主要還是滿足不同panel的定制標準品需求,類似與液體活檢ctDNA標準品的定制,可以針對性的開發針對不同癌種的panel組合,這里我們傾向納入小panel、中panel、大panel的差異位點合集,同時傾向于放入致病和疑似致病的位點,組成合集。首要解決的問題是超低腫瘤占比帶來的超低頻突變的定標問題,我們知道dPCR的檢測限一般為0.1%,低于0.1%的頻率一般很難與陰性相區分,因此對于超低頻的位點的檢測一般是使用超深度的NGS來定標,除了血液瘤外,國內暫時沒有其他腫瘤獲批的MRD檢測試劑盒,很多都是摸著石頭過河的,暫時無法通過上市的超深度的NGS試劑盒來定標,這個沒有特別好的解決辦法,只能在混樣的稀釋工藝上,盡可能做到準確和一致。


        針對tumor-informed assays的檢測方法,按照工藝上的描述,是定制類的標準品開發,首先針對待測樣本組織開展WES檢測,根據檢測結果設計適合超深度ctDNA檢測的panel,比如捕獲法的話,重點在優化探針的性能,同時針對已知的突變開發對應的標準品。同樣的,也會遇到超低腫瘤占比帶來的超低頻突變的定標問題。在此,我們也是希望能在與探針設計合成的公司達成合作,在復發監測的有*效內,完成panel的開發和性能評價。


        MRD檢測意義


        MRD的檢測,針對ctDNA的檢測已經在臨床多種腫瘤復發監測中表征出明確的臨床檢測意義,臨床亟待MRD的檢測試劑盒,幫忙指導患者的輔助治療,復發監測。



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